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利用離子色譜儀進行分析檢測時，各種離子的分離是通過色譜柱完成的。色譜柱是離子色譜儀的核心，色譜柱的性能對分析結果有著關鍵影響。因此，使用者需要特別注意色譜柱的維護保養。
1.柱在任何情況下不能碰撞、彎曲或強烈震動；
2.當柱和色譜儀聯結時，閥件或管路一定要清洗干凈
3.要注意流動相的脫氣，并且避免使用高粘度的溶劑作為流動相；
4.實際樣品在測定時要經過預處理，嚴格控制進樣量；
5.每天分析工作結束后，要清洗進樣閥中殘留的樣品，還要用適當的溶劑來清洗柱；
6.若分析柱長期不使用，對陰離子柱要用純凈的水沖洗干凈，并通入3%的H2BO3(30mL)或NaOH，并將色譜柱取下兩端密封保存，對陽離子柱要通入水、一定量的酸，并將色譜柱取下兩端密封保存；
7.短時間不用的色譜柱，對陰柱可采用一周通水一次、陽柱一周通淋洗液一次的方法保存。
8.儀器較長時間不用時，要將恒流泵進液的過濾頭一直放在水中，避免在空氣中干燥吸附氣體；
9.再次使用的時候要檢查整個流動管路中是否有氣泡，如果有要先將氣泡排除后再將色譜柱接上，防止將氣泡帶到色譜中。
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